DNA 몰 농도와 라이게이션 계산: ng에서 pmol로

계산 방법

분자량은 길이에서만 나옵니다. 이중가닥 DNA는 염기쌍당 617.96 g/mol에 36.04를 더한 값이고 단일가닥 DNA는 뉴클레오티드당 308.97 g/mol에 18.02를 더한 값입니다. 네 염기의 평균을 쓴 무수 분자량입니다. 각 가닥은 제한효소로 자른 조각이 그렇듯 5′ 인산을 포함해서 셉니다. 가닥마다 더하는 18.02는 자유 말단 두 곳이 가진 물입니다. 인산이 없는 올리고는 80 g/mol 정도 가벼운데, 이 정도 길이에서는 영향이 없습니다. 따라서 3,000 bp 이중가닥 조각은 3,000 × 617.96 + 36.04 = 1,853,916.04 g/mol이고, 그중 100 ng은 0.0539 pmol입니다.

몰수는 질량을 분자량으로 나눈 값입니다. pmol = ng ÷ (g/mol) × 1,000입니다. 라이게이션은 방향이 반대입니다. 벡터 질량에서 벡터의 pmol이 나옵니다. 거기에 비율을 곱하면 인서트의 pmol이 나오고 인서트 pmol에 인서트 분자량을 곱하면 인서트 질량이 나옵니다. 결국 길이와 몰 비가 결정하므로, 같은 비율이라면 짧은 인서트는 긴 인서트보다 훨씬 적은 나노그램으로 충분합니다.

많은 계산기는 대신 염기쌍당 650 g/mol이라는 어림값을 씁니다. 이 어림값은 조각을 5% 정도 무겁게 보므로 물질량을 5% 정도 적게 알려줍니다. 3,000 bp의 100 ng이 0.0539 pmol 대신 0.0513 pmol로 나옵니다. 같은 숫자를 넣었는데 계산기마다 답이 다른 이유가 이것입니다. 정확한 값은 서열의 실제 염기 조성에 달려 있고 길이만 쓰는 공식은 그것을 알 수 없습니다. 그러니 어느 쪽이든 몇 퍼센트 오차가 있는 추정값으로 보고, 한 실험 안에서는 계산기 하나만 쓰십시오.

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