GC 함량과 프라이머 Tm 계산

계산 방법

GC 함량은 (G + C) ÷ (A + C + G + T)를 백분율로 나타낸 값입니다. 이 분수에는 명확한 염기만 들어갑니다. N이나 R 같은 IUPAC 코드와 그 밖의 문자는 기타로 따로 세고 GC 값에서는 빼는데, N은 어느 염기인지 알 수 없기 때문입니다. U는 T로 셉니다.

녹는점은 SantaLucia 1998 통합 최근접 이웃(nearest-neighbour) 파라미터를 씁니다. PlasmidLab 앱이 프라이머에 쓰는 것과 같은 코드입니다. 올리고를 따라 두 염기씩 겹쳐 가는 각 단계의 엔탈피와 엔트로피를 더하고 양쪽 말단 보정을 더한 뒤, 엔트로피에 0.368 × (N − 1) × ln[Na⁺] 염 보정을 적용하고 Tm = ΔH ÷ (ΔS + R·ln[oligo]) − 273.15를 풉니다.

이 값에는 가정이 두 개 들어 있고 둘 다 위에서 바꿀 수 있습니다. Na⁺ 농도는 기본값이 50 mM입니다. 올리고 농도는 기본값이 250 nM인데, PCR처럼 프라이머가 템플릿보다 많이 들어간 상황을 가정한 값입니다. 두 가닥을 같은 농도 C로 어닐링한다면 C/2를 넣으십시오. 모델은 올리고와 그 정확한 상보 가닥이 완전히 맞물린 이중가닥을 전제합니다. 헤어핀과 댕글링 엔드, 마그네슘, dNTP 항이 없는 두 상태 전이로 봅니다. GCGTAACGATCCAGCTGTCG 같은 20-mer라면 기본값에서 59.9 °C가 나옵니다.

50 염기를 넘으면 녹는점을 내놓지 않습니다. 페이지의 한계가 아니라 모델이 설명하는 범위가 거기까지입니다. 최근접 이웃 모델은 한 번에 녹는 짧은 이중가닥을 다룹니다. 긴 서열은 구역별로 나뉘어 녹으니 Tm 하나로는 설명이 되지 않습니다. 긴 DNA에는 염기 개수와 GC 함량만 표시합니다.

모든 계산은 브라우저에서 이루어집니다. 서열은 어디에도 전송되지 않습니다.