가상 아가로스 젤: 절단 밴드 예측

계산 방법

Dam과 Dcm 메틸화는 여기서 고려하지 않습니다. 메틸화로 막힌 자리가 있으면 밴드 패턴이 달라집니다. 막히는 자리는 PlasmidLab 앱에서 표시합니다.

조각 크기는 정확한 값입니다. 절단 위치는 제한효소 자리 찾기와 같은 효소 목록, 같은 검색 방식에서 나오고 조각은 이웃한 절단 자리 사이의 거리입니다. 서열이 원형이면 원을 따라 돌면서 잽니다. 효소 네 개의 절단을 한 번의 digest로 합치고 두 효소가 같은 위치를 자르면 한 번으로 셉니다.

밴드가 어디에 자리하는지는 예측이고 측정이 아닙니다. PlasmidLab 앱의 젤 모델을 그대로 씁니다. DNA가 이동한 거리를 길이의 상용로그에 대해 그린 경험 곡선입니다. 길이에는 아가로스 퍼센트를 1.3제곱한 값을 먼저 곱하고 전체 거리는 젤을 얼마나 내렸는지에 비례해 조정합니다. 두 밴드가 분리될지 판단하는 데 쓰고 크기를 재는 데 쓰지 마십시오.

자르지 않은 원형 DNA는 같은 길이의 선형 조각처럼 달리지 않습니다. 서열이 원형이고 아무 효소도 자르지 않으면 그 밴드는 TAE 완충액의 초나선 계수 0.7로 그립니다. 그래서 2,686 bp 플라스미드는 1,880 bp 선형 조각이 갈 자리 근처에 놓입니다. 초나선 정도는 준비 방법에 따라 달라지므로 그 밴드에는 근사값이라고 적어 둡니다. 젤 바닥을 지나칠 밴드나 웰에서 거의 벗어나지 못한 밴드는 가장자리에 그리고 이름을 붙입니다. 조용히 사라지는 밴드는 없습니다.

인식 부위와 절단 위치는 제한효소 데이터베이스 REBASE(rebase.neb.com) release 611에서 가져왔습니다. 래더 길이는 1 kb와 100 bp DNA Ladder입니다. 모든 계산은 브라우저에서 이루어집니다. 서열은 어디에도 전송되지 않습니다.