제한효소 목록: 인식 부위, 돌출, 호환되는 말단

어떤 말단끼리 붙는지

두 점착 말단은 돌출이 같은 종류이고(둘 다 5′이거나 둘 다 3′) 길이가 같으며 서로 상보일 때 붙습니다. 5′에서 3′ 방향으로 적은 돌출은 자기 자신의 역상보와 짝이 되므로, GATC처럼 회문인 돌출은 자기끼리 붙습니다. 글자가 같아도 5′ 돌출은 3′ 돌출과 붙지 않습니다. KpnI와 Acc65I는 같은 부위 GGTACC를 자르고 같은 네 글자를 남기지만 한쪽은 3′에, 다른 쪽은 5′에 남기므로 두 말단은 서로 붙지 않습니다.

아래는 이 목록에서 구성원끼리 말단이 붙는 그룹 15개입니다. 한 그룹의 효소 두 개를 이으면 보통 두 인식 부위가 모두 사라집니다. 인서트가 다시 빠져나오지 못하게 하는 것이 이 방법의 목적입니다. 예외는 그룹마다 따로 적어 두었습니다. 대부분 인식 부위가 짧아 이은 자리 안에서 자기 부위를 다시 찾아내는 효소입니다.

평활 말단 · 34 종

평활 말단은 다른 어떤 평활 말단과도 붙으므로, 이 34종은 맞춰 볼 서열 없이 한 그룹입니다: AfeI, AleI, AluI, BsaAI, BsaBI, BmgBI, BsrBI, BstZ17I, DraI, Eco53kI, EcoRV, FspI, HaeIII, HincII, HpaI, MscI, MspA1I, NaeI, NruI, PmeI, PmlI, PsiI, PvuII, RsaI, ScaI, SfoI, SmaI, SnaBI, SrfI, SspI, StuI, SwaI, XmnI, ZraI. 점착 말단보다 효율이 낮고 인서트가 어느 방향으로도 들어갑니다.

옆 서열이 돌출을 정하는 효소 · 19 종

인식 부위 밖을 자르므로 돌출은 옆에 오는 염기가 무엇이냐에 따라 정해집니다. 효소의 성질이 아닙니다. Golden Gate 조립이 이 점 위에 서 있습니다. 돌출을 내가 고르는 것입니다. 그래서 그룹 없이 따로 적습니다: AcuI, BbsI, BccI, BceAI, BciVI, BpmI, BsaI, BseRI, BsmBI, BsmI, BspQI, BsrDI, BtgZI, BtsI, EarI, Esp3I, SapI, BfuAI, PaqCI.

부위에 따라 돌출이 달라지는 효소 · 35 종

돌출 안에 모호한 염기가 든 인식 부위를 자르므로, 남는 네 글자는 실제로 자른 부위에 따라 달라집니다. 예를 들어 AvaI는 5′ YCGR를 남기는데, 서열에 따라 CCGA, CCGG, TCGA, TCGG 가운데 하나입니다. 이런 효소 둘은 실제 돌출이 서로 상보로 나올 때만 붙습니다: AccI 5' MK, AflIII 5' CRYG, AhdI 3' N, AlwNI 3' NNN, AvaI 5' YCGR, AvaII 5' GWC, BaeGI 3' KGCM, BanI 5' GYRC, BanII 3' RGCY, BglI 3' NNN, BlpI 5' TNA, BsiEI 3' RY, BsiHKAI 3' WGCW, BsoBI 5' YCGR, Bsp1286I 3' DGCH, Bpu10I 5' TNA, BstAPI 3' NNN, BstEII 5' GTNAC, BstXI 3' NNNN, Bsu36I 5' TNA, BtgI 5' CRYG, DraIII 3' NNN, DrdI 3' NN, EcoNI 5' N, EcoO109I 5' GNC, PasI 5' CWG, PflFI 5' N, PflMI 3' NNN, RsrII 5' GWC, SexAI 5' CCWGG, SfiI 3' NNN, SmlI 5' TYRA, StyI 5' CWWG, Tth111I 5' N, XcmI 3' N.

이 표를 만드는 방법

모든 열은 인식 부위와 두 절단 오프셋에서 계산합니다. 효소 목록에 있는 것이 그것뿐입니다. 인식 부위는 REBASE 표기를 따라 위 가닥을 자르는 자리에 ^를 넣고 절단이 부위 밖으로 가면 GGTCTC(1/5)처럼 적습니다. 돌출은 두 절단 사이 구간입니다. 위 가닥을 먼저 자르면 5′, 아래 가닥을 먼저 자르면 3′입니다. 그룹은 돌출과 그 역상보를 함께 묶은 것이라, 상보인 말단끼리 같은 그룹에 들어갑니다.

그룹 아래 적은 접합부는 첫 부위의 절단 자리까지 왼쪽 반쪽에, 두 번째 부위의 오른쪽 반쪽을 이어 붙인 서열입니다. 그 서열에 두 효소로 각각 자리 찾기를 돌립니다. 이은 자리 안에 온전히 들어가는 부위만 이렇게 판정할 수 있습니다. 그보다 바깥 염기는 construct의 나머지이므로, 그 염기가 있어야 성립하는 부위는 여기서 있다고도 없다고도 하지 않습니다.

Dam과 Dcm 메틸화는 여기서 고려하지 않습니다. 메틸화가 막는 자리는 PlasmidLab 앱에서 표시할 수 있습니다. 이 페이지는 완충액이나 반응 온도, 조각 끝에 가까운 자리를 효소가 얼마나 잘 자르는지는 알지 못합니다. 목록에 그 정보가 없기 때문입니다.

인식 부위와 절단 위치는 제한효소 데이터베이스 REBASE(rebase.neb.com) release 611에서 가져왔습니다. PlasmidLab 앱이 쓰는 것과 같은 효소 목록입니다. 모든 계산은 브라우저에서 이루어집니다. 서열은 어디에도 전송되지 않습니다.